Es analista político especializado en asuntos internacionales; columnista habitual en el periódico El País; comentarista para otros medios de comunicación; y participa y colabora como ponente en debates y seminarios internacionales y europeos sobre política mundial y asuntos europeos. Entre 2008 y 2011, Jordi Vaquer fue el coordinador de EU4Seas, un programa de investigación financiado por la Comisión Europea que aúna instituciones de ocho países europeos para estudiar los efectos de las políticas europeas sobre cooperación en el ámbito del Mediterráneo, los mares Báltico, Caspio y Negro. Entre 2009 y 2012 fue el director de Revista CIDOB d’Afers Internacionals, una de las revistas académicas en lengua española más importantes dedicada al ámbito de las Relaciones Internacionales. También es profesor en el IBEI, Institut Barcelona d’Estudis Internacionals. Jordi Vaquer se licenció en la Universitat Autònoma de Barcelona, cursó un máster en el Colegio de Europa de Brujas, Bélgica, y es doctor en Relaciones Internacionales por la London School of Economics. Trabajó cinco años en el Departamento de Asuntos Internacionales de la Generalitat de Cataluña, fue profesor asistente en la London School of Economics, observador electoral en siete países y consultor en proyectos financiados por la Comisión Europea.

Director de CIDOB (Barcelona Centre for International Affairs) entre los años 2008 y 2012.