Els programes d'investigació de la Fundació CIDOB són grups de treball formats per acadèmics, polítics, professionals i empresaris que identifiquen els temes i agendes polítiques rellevants en el seu àmbit. Sobre aquesta base, encarreguen informes, articles i ponències a experts en la matèria. Els grups de treball solen reunir-se dues vegades l'any.