Los programas de la Fundación CIDOB son fruto de grupos de reflexión, formados por académicos, políticos, profesionales y empresarios que suelen reunirse dos veces al año e identifican los temas y las agendas políticas relevantes en su ámbito. Sobre esta base, cada programa encarga informes, artículos y ponencias a expertos en la materia.

Los programas producen seminarios y encuentros internacionales, así como publicaciones y cursos, en los que los expertos e investigadores difunden sus trabajos. La actividad de los programas se enmarca preferentemente en un marco de trabajo en red, tanto a nivel de España como internacional.