Els programes de la Fundació CIDOB són fruit de grups de reflexió, formats per acadèmics, polítics, professionals i empresaris que solen reunir-se dues vegades l'any i identifiquen els temes i les agendes polítiques rellevants en el seu àmbit. Sobre aquesta base, cada programa encarrega informes, articles i ponències a experts en la matèria.

Els programes organitzen seminaris i trobades internacionals, així com publicacions i cursos, en els quals els experts i investigadors difonen els seus treballs. L'activitat dels programes s'emmarca preferentment en un marc de treball en xarxa, tant en l’àmbit espanyol com en l’internacional.