Se convirtió en secretario ejecutivo del Consejo del Sajudis, y en las elecciones libres del 24 de febrero de 1990 fue uno de los 92 candidatos que el movimiento -al no estar registrado como partido no presentó listas propias- logró meter en el nuevo Consejo Supremo, la nueva denominación del Soviet Supremo. Su nuevo cometido como representante político a tiempo completo supuso el final de su profesión científica en la universidad.

Reelegido en el reconstituido Parlamento lituano, el Seimas, en los comicios del 25 de octubre de 1992 (que supusieron, al año de obtenerse la independencia, el retorno al Gobierno de los antiguos comunistas, reconvertidos a socialdemócratas), Kubilius acompañó al ex jefe del Estado (1990-1992) Vytautas Landsbergis en la creación, el 1 de mayo de 1993, de la Unión de la Patria-Conservadores de Lituania, TS(LK). Este partido se nutrió del ala derechista del extinto Sajudis y diseñó un programa conservador, decididamente prooccidental y sólo parcialmente liberal en lo económico al propugnar la concesión de subsidios agrícolas.

Cuando la TS(LK) ganó las elecciones del 20 de octubre de 1996, el ex primer ministro Gediminas Vagnorius regresó al ejecutivo al frente de un Gobierno de coalición y Kubilius fue elegido, el 26 de noviembre, primer vicepresidente del Seimas. En los cuatro años siguientes, además de presidir el grupo de diputados del partido, Kubilius formó parte de los comités parlamentarios de Asuntos Legales, de Asuntos de la OTAN y de Asuntos de la Unión Europea, éste último en calidad de presidente en el momento de su formación el 19 de septiembre de 1997. En añadidura, figuró en los grupos de trabajo para las relaciones con Estados Unidos y con los países escandinavos, así como en la delegación del Seimas en la Unión Interparlamentaria (IPU).

Rolandas Paksas, primer ministro desde el 18 de mayo de 1999, dimitió el 27 de octubre del mismo año por estar en desacuerdo con la proyectada privatización parcial del monopolio estatal del petróleo en beneficio de una empresa de Estados Unidos. La TS(LK) encomendó entonces la sustitución a Kubilius, quien conforme al procedimiento fue nombrado por el presidente Valdas Adamkus el 29 de octubre.

El Seimas le confirmó el 3 de noviembre con 82 votos contra 20 más 18 abstenciones, y dos días después presentó la composición de su gabinete, el duodécimo desde la ruptura con la URSS en marzo de 1990, que sólo contó con dos novedades y que no alteró las cuotas de poder de los socios de coalición, además de los conservadores el Partido Cristianodemócrata Lituano (LKDP) y la Unión de Centro de Lituania (LCS). El 9 de noviembre cesó en la vicepresidencia del Seimas.

Político comedido, de perfil profesional y con fama de conciliador, Kubilius llegó al poder con un mensaje de continuidad en todos los aspectos: prolongación de las reformas estructurales necesarias para el ingreso en la UE; estabilización de la situación financiera y austeridad presupuestaria con el objetivo de un balance sin déficit; apertura de barreras a la inversión extranjera; empleo cuidadoso de las ayudas a las empresas públicas en crisis, y lucha contra el crimen organizado y la corrupción. Tanto el visto bueno de la UE de la candidatura lituana como el inicio de las conversaciones de adhesión tuvieron lugar bajo su mandato, el 10 de diciembre de 1999 en el primer caso y el 15 de febrero de 2000 en el segundo.

Prueba de que Kubilius llevó adelante políticas impopulares -que además no tuvieron tiempo para que surtieran efecto alguno sobre los numerosos balances negativos de las cuentas del Estado- es que la TS(LK) y sus aliados cosecharon un fuerte varapalo en las elecciones legislativas del 8 de octubre de 2000. Los conservadores pagaron la impopularidad de su gestión y cayeron al 8,6% de los votos, 21 puntos menos que en 1996. De los nueve escaños que conservó, uno fue el de Kubilius, que el 19 de octubre presentó la dimisión como primer ministro.

El 26 de octubre Kubilius cedió el despacho a su antecesor, Paksas, quien al frente del partido Unión Liberal Lituana (LLS) había acordado un gobierno de coalición con otra fuerza pese a no ser el ganador de los comicios, condición que ostentó el ex comunista Partido Democrático Laborista de Lituania (LDDP) de Algirdas Brazauskas.

(Cobertura informativa hasta 1/4/2001)