En 1962 dejó la Escuela para Oficiales de Camp Alpha Yaya, en Conakry, y fue transferido al centro de instrucción de artillería del 2º Batallón, con base en Kindia. Ascendido a subteniente en 1963 y a teniente en 1965, en 1968 sirvió en el arsenal de Zérékoré y un año después regresó a su batallón en Kindia.

En mayo de 1970 se unió al Estado Mayor General Interarmas en Conakry con el galón de capitán y en noviembre tomó parte en la defensa de la capital durante la invasión de mercenarios procedentes de la Guinea Portuguesa (luego Guinea Bissau), que en apariencia pretendían derrocar el régimen dictatorial de Ahmed Sékou Touré, en el poder desde la independencia. Como comandante desde junio de 1971, con el rango de coronel, de la V Región Militar con base en Boké, en 1973 Conté prestó asistencia a los guerrilleros independentistas de la citada colonia portuguesa.

En 1974 asistió a un curso técnico en la URSS, en la capital bielorrusa de Minsk, y en mayo del año siguiente fue promovido a subjefe del Estado Mayor del Ejército de Tierra. En 1977 encabezó la delegación guineana en unas negociaciones que solventaron una disputa fronteriza con Guinea Bissau y en 1980 obtuvo el acta de diputado parlamentario en la lista única del Partido Democrático de Guinea (PDG).

El 3 de abril de 1984, ocho días después del fallecimiento del Sékou Touré en una clínica de Cleveland, Estados Unidos, Conté encabezó un golpe de Estado incruento que derrocó al primer ministro y presidente interino, Lansana Beavogui, elegido por los colaboradores del autócrata desaparecido para dirigir el país hasta que se designara un sucesor. Conté, cuya acción fue acogida con júbilo por la población y por la enorme comunidad de exiliados en el extranjero (unas 200.000 personas), formó un Comité Militar de Recuperación Nacional (CMRN) cuyas primeras medidas fueron la disolución del PDG y de la Asamblea Nacional, la suspendió la Constitución y la liberación de casi un millar de presos políticos.

El 5 de abril se proclamó presidente de la II República y constituyó un Gobierno presidido por su compañero de aventura golpista, el coronel Diara Traoré, y en el que él se reservó los ministerios de Defensa, Seguridad, Planificación, Cooperación e Información. El 23 de mayo decretó que el país dejara de llamarse República Popular Revolucionaria de Guinea y recobrara el nombre que tuvo desde la independencia hasta 1979, República de Guinea. Aunque denunció al régimen depuesto como una "dictadura inhumana y sangrienta", Conté no desató la persecución general como en un principio se temió, y el 15 de mayo indultó a una treintena de ministros, oficiales del Ejército y altos funcionarios leales a Touré que habían sido arrestados el día del golpe.

Aún y todo, hubo efectivamente una ruptura con el orden precedente, pues Conté se había rodeado de oficiales jóvenes que tenían en común su formación en la URSS y un pretendido sentido regeneracionista, en contraposición con la vieja guardia de oficiales fogueados en las guerras de Argelia e Indochina con el Ejército francés, en la que se apoyaba el poder de Touré. En los meses posteriores a su llegada al poder, el verdadero peligro para Conté vino de sus propias filas. El 18 de diciembre intentó zanjar su enfrentamiento con Traoré destituyéndole como primer ministro (el puesto quedó abolido) y rebajándole a ministro de Educación.

El 4 de julio de 1985, aprovechando que Conté asistía a una cumbre de la Comunidad Económica de Estados del África Occidental (CEDEAO, cuya presidencia anual de turno había heredado de Sékou Touré) en Lomé, Togo, Traoré perpetró un golpe de Estado que, con el regreso precipitado del presidente, acabó en fracaso y con el arresto y ejecución de los conjurados. Conté, que el mismo día 5 se hizo otorgar el rango de general de brigada (en abril de 1990 adoptó el de general de cuerpo de Ejército), atribuyó a la intentona un trasfondo étnico, dado que Traoré, como Sékou Touré, era un malinké.

Conté, que mantuvo la línea prooccidental moderada inaugurada por Touré en los últimos años de su presidencia, se decantó por un modelo económico liberal que recibió el beneplácito del FMI y que le abrió las puertas a la concesión de importantes ayudas financieras y a la condonación de una parte de la deuda exterior. En 1990, antes que la mayoría de los países de la región dominados por la junta militar o el partido único, puso en marcha un cauteloso programa para la transición a la democracia, en principio con una duración cinco años, en el que no admitió interferencia alguna de la oposición civil, como demostró en la violenta supresión de los brotes contestatarios de septiembre de 1991.

El 23 de diciembre de 1990 se aprobó en referéndum una Ley Fundamental, el 16 de enero de 1991 el CMRN fue sustituido por un Comité Transitorio de Recuperación Nacional (CTRN, igualmente presidido por Conté e integrado a partes iguales por civiles y militares) y el 3 de abril de 1992 fue promulgada una ley de partidos que consagró el pluralismo político.

En un clima de violencia y confusión, y con el boicot propugnado por algunas formaciones políticas, el 19 de diciembre de 1993 tuvieron lugar las elecciones presidenciales, que Conté ganó con el 50,9% de los votos por delante de Alpha Condé, de Reagrupamiento del Pueblo Guineano (RPG), y de Mamadou Bah, de la Unión para la Nueva República (UNR).

El CTRN fue disuelto y Conté tomó posesión como presidente civil con un mandato quinquenal, en lo que seguía el ejemplo de otros mandatarios militares que, como él, llegaron al poder por la vía golpista en los años ochenta y se reconvirtieron en presidentes civiles con legitimidad constitucional una década después, como eran los casos del burkinés Blaise Compaoré y el ghanés Jerry Rawlings; más recientemente, siguieron el ejemplo el gambiano Yahya Jammeh y el nigerino Ibrahim Baré Maïnassara.

El 11 de junio de 1995 se celebraron elecciones a la Asamblea Nacional, primeras legislativas multipartidistas en la historia del país, y el Partido para la Unidad y el Progreso (PUP) de Conté se aseguró 71 de los 114 escaños. La oposición rechazó los resultados como fraudulentos, una denuncia parcialmente corroborada por los observadores internacionales, los cuales admitieron la existencia de irregularidades puntuales que, sin embargo, no afectaron a los resultados finales.

En 1996 Conté, tras capear una asonada militar en febrero, nombró el 9 de julio su primer jefe de Gobierno desde 1984, Sidia Touré. Las segundas elecciones presidenciales, celebradas el 14 de diciembre de 1998, se desarrollaron como un calco de la edición de 1993: con un 54,1% de votos favorables y un fondo de intimidaciones y opacidad informativa, la reelección de Conté fue agriamente contestada por Bah y Condé, que esta vez se intercambiaron el segundo y tercer puesto, y levemente criticada por los observadores internacionales. Los comicios volvieron a evidenciar la alineación del voto según criterios étnicos, ya que los sussus (el 20% de la población) se movilizaron por Conté, los malinkés (30%) por Condé y los peuhls (40%) lo hicieron por Bah.

La política exterior del Gobierno de Conté ha estado dominada por los conflictos civiles y militares que han convulsionado a otros países de la CEDEAO en los años noventa, cuales son Liberia, Sierra Leona y Guinea Bissau, los tres limítrofes con Guinea, con las consiguientes perturbaciones en los flujos comerciales.

El 23 de octubre de 1997 el mandatario guineano auspició en Conakry un acuerdo de paz entre los militares golpistas de Sierra Leona y la CEDEAO destinado a reponer al presidente civil derrocado y acogido en Guinea, Ahmad Tejan Kabbah; fracasada la vía negociada, las tropas de la CEDEAO hubieron de aplicar el acuerdo manu militari, hasta conseguir la toma de Freetown y el regreso triunfal el 10 de marzo de 1998 de Kabbah, al que Conté escoltó junto con otros presidentes de la organización. Asimismo, en junio de 1998 Conté envió, al igual que el Gobierno de Senegal, un contingente en ayuda del presidente de Guinea Bissau, João Bernardo Vieira, que hacía frente a su particular rebelión castrense.

En noviembre de 1998 Conté suscribió en Conakry con Kabbah y con el presidente liberiano, Charles Taylor (quien, por otro lado, ha acusado reiteradamente a su Gobierno de otorgar apoyo logístico a las incursiones de rebeldes armados desde territorio guineano), un acuerdo de amplio alcance destinado a reducir las tensiones políticas regionales y a reforzar la cooperación económica entre los tres países, que dentro de la CEDEAO componen un foro de consultas intergubernamental denominado Unión del Río Mano.

Esta colaboración ha sido puesta a prueba desde 2000 debido a las tropelías cometidas dentro de las fronteras guineanas por bandas de insurgentes provenientes de los dos países, teniendo Conté que movilizar a su Ejército para contenerlas. Ante la gravedad de estas incursiones desestabilizadoras, en diciembre la CEDEAO decidió despachar tropas de cuatro países miembros para asistir al Ejército guineano.

(Cobertura informativa hasta 20/3/2001)